La nouvelle méthode de collecte d’ADN est inoffensive pour la faune

Une équipe de chercheurs dirigée par l’Université de l’Illinois à Urbana-Champaign a développé une nouvelle méthode de collecte d’ADN qui permet aux scientifiques de capturer des informations génétiques sur la faune sauvage sans déranger les animaux ni mettre leur propre vie en danger. Les experts ont testé ce protocole sur des excréments d’éléphants et ont réussi à collecter suffisamment d’ADN pour séquencer le génome entier non seulement des éléphants, mais également des microbes, des plantes et d’autres organismes qui leur sont associés.

« Nous avons combiné les méthodologies existantes de telle manière que nous sommes désormais en mesure d’utiliser des échantillons non invasifs pour générer des données à l’échelle du génome », a déclaré l’auteur principal de l’étude, Alida de Flamingh, chercheuse postdoctorale en génétique et écologie à l’Illinois. « Cela nous permet d’évaluer les populations d’animaux sauvages sans avoir à lancer, capturer ou immobiliser les animaux. »

Selon Alfred Roca, co-auteur de l’étude et professeur de sciences animales à la même université, la collecte d’ADN à partir d’excréments d’animaux n’est pas quelque chose de nouveau. « Des échantillons de selles d’éléphants sont utilisés depuis des décennies pour étudier la génétique des éléphants », a-t-il déclaré. « Mais cela repose sur des méthodes très lourdes, impliquant souvent des produits chimiques qui, dans certains cas, peuvent être dangereux. Les collections sont volumineuses, difficiles à expédier et doivent être réfrigérées, ce qui rend l’ensemble du processus très coûteux.

Désormais, les chercheurs ont testé une alternative moins coûteuse : utiliser de petites cartes de collecte de données préalablement traitées pour empêcher la dégradation des échantillons, permettant ainsi de les conserver pendant des mois sans réfrigération.

Premièrement, les scientifiques ont collecté et analysé des échantillons d’éléphants de zoo pour déterminer combien de temps après la défécation les échantillons fécaux produiraient encore des données génomiques viables. L’analyse a révélé que même après 72 heures, les échantillons pouvaient être utilisés de manière fiable pour le séquençage génomique. Dans une étape suivante, l’équipe a testé cette procédure sur des échantillons prélevés sur des éléphants sauvages de la savane africaine. Le séquençage a conduit à un trésor d’informations.

« J’ai été surpris. Je pensais que nous pourrions obtenir de l’ADN d’éléphant à partir des cartes, mais je pensais à environ deux pour cent. Cependant, en moyenne, plus de 12 pour cent de l’ADN a été attribué à l’éléphant », a rapporté Roca.

Comme cela a été réalisé sans recourir à des méthodes de laboratoire coûteuses et fastidieuses ciblant uniquement l’ADN des éléphants, chaque échantillon a fourni une grande quantité d’informations non seulement sur les éléphants, mais également sur la composition microbienne de leurs intestins, leur habitat et leur régime alimentaire.

« C’est vraiment bénéfique d’avoir une idée de tout ce qu’il y a dedans car maintenant vous pouvez commencer à poser des questions, non seulement sur le génome des éléphants, mais aussi sur des choses comme leur santé, leur régime alimentaire et la présence d’agents pathogènes ou de parasites », a expliqué de Flamingh.

Selon les chercheurs, en ce qui concerne le génome des éléphants, les résultats sont comparables – voire meilleurs – à ceux obtenus à partir d’échantillons de sang. « Vous pouvez explorer la connectivité des différentes populations d’éléphants, le niveau de diversité génétique, le niveau de consanguinité et les liens de parenté entre les éléphants. Et je dirais qu’il y a de nombreuses raisons pour lesquelles vous ne voulez pas avoir à prélever des échantillons de sang sur des éléphants sauvages », a déclaré Roca.

« Il est possible de faire ce que l’on pourrait faire avec du sang, mais cela va bien au-delà. Vous pouvez désormais effectuer des analyses que vous ne pouviez pas réaliser auparavant avec l’ADN sanguin, qui ne fournit que des informations sur le génome de l’éléphant », a conclu de Flamingh.

L’étude est publiée dans la revue Frontières de la génétique.

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Par Andreï Ionescu, Espèces-menacées.fr Rédacteur