En Nouvelle-Zélande, les perroquets endémiques incapables de voler, connus sous le nom de kākāpō, étaient au nombre de dizaines de milliers et étaient répandus sur tout le continent et les îles au large. Cependant, en 1995, ces populations avaient subi de graves pertes dues principalement à la chasse excessive par les humains et à la prédation par les mammifères introduits. Au total, seuls 51 oiseaux ont survécu. Cinquante kākāpō habitaient l’île Stewart, une petite île au large de la côte sud de la Nouvelle-Zélande, et un seul individu, nommé Richard Henry, a survécu sur le continent.
L’espèce a été considérée comme en danger critique d’extinction et des stratégies de gestion ont été élaborées pour promouvoir la reproduction et améliorer la diversité génétique afin de protéger les oiseaux restants.
Sur les 51 individus qui ont survécu au goulot d’étranglement génétique, seuls Richard Henry et 39 autres se sont reproduits ; ces 40 oiseaux sont ainsi les ancêtres de tous les kākāpō éclos depuis 1995. Aujourd’hui, 204 individus représentent cette espèce, pour la plupart descendants de la population de kākāpō de l’île Stewart isolée.
Dans le cadre de recherches récentes menées par des scientifiques suédois et néo-zélandais, les génomes de 49 kākāpō ont été séquencés et analysés pour étudier l’impact de la consanguinité sur les oiseaux. Le matériel génétique a été obtenu auprès de 35 individus de la population de l’île Stewart, de Richard Henry qui a survécu sur le continent, et de 13 autres spécimens de musée qui représentaient également la population aujourd’hui disparue du continent.
La théorie de la génétique des populations suggère que de très petites populations consanguines souffriront d’une accumulation de mutations génétiques qui finiront par réduire la condition physique et conduire à l’extinction. Les kākāpō d’aujourd’hui auraient perdu 70 à 80 % de leur diversité génétique depuis les années 1800 et présenteraient une mauvaise qualité de sperme et un faible succès d’éclosion, ce qui suggère qu’ils sont effectivement porteurs de mutations délétères dans leurs gènes.
Cependant, l’étude actuelle a rapporté des résultats étonnamment positifs ; malgré 10 000 ans d’isolement et de consanguinité sur l’île Stewart, les kākāpō y présentent moins de mutations nocives que celles trouvées dans le génome des populations aujourd’hui disparues du continent. Les perroquets incapables de voler sur l’île Stewart semblent avoir perdu des mutations dans leurs gènes, plutôt que de les avoir accumulées.
« Même si le kākāpō est l’une des espèces d’oiseaux les plus consanguines et les plus menacées au monde, il présente beaucoup moins de mutations nuisibles que prévu », explique Nicolas Dussex, chercheur au Centre de paléogénétique et à l’Université de Stockholm. « Nos données montrent que la population survivante de l’île Stewart a été isolée pendant environ 10 000 ans et que, pendant cette période, les mutations nuisibles ont été éliminées par la sélection naturelle dans un processus appelé » purge « et que la consanguinité a pu le faciliter. »
« Dans de petites populations, ce type de mutation nocive peut conduire à des maladies génétiques », ajoute Love Dalén du Centre de paléogénétique et du Musée suédois d’histoire naturelle. « Notre découverte d’un nombre réduit de mutations nocives est donc importante, car elle signifie que la consanguinité dans la population actuelle est susceptible d’avoir un impact moins grave que nous ne l’avions initialement pensé. »
Les auteurs affirment que leurs résultats peuvent être utilisés pour éclairer les programmes de sélection à l’avenir et pour sélectionner des individus reproducteurs qui n’introduisent pas de mutations génétiques nocives. Richard Henry, par exemple, est génétiquement distinct du kākāpō de l’île Stewart et pourrait être considéré comme un éleveur important en termes d’amélioration de la diversité génétique. Cependant, son génome comporte des mutations plus nocives que celui des oiseaux de l’île Stewart, ce qui signifie qu’il n’est peut-être pas après tout le père idéal pour une future progéniture.
Les résultats de cette étude peuvent désormais être appliqués aux populations petites et menacées d’autres espèces. « Nos résultats sont une bonne nouvelle, non seulement pour le kākāpō mais aussi pour la conservation d’autres espèces hautement consanguines et isolées, car ils suggèrent qu’il est possible, dans certaines circonstances, que de petites populations survivent même si elles sont isolées pendant des centaines de générations. » » déclare Bruce Robertson, de l’Université d’Otago, qui étudie la génétique du kākāpō depuis 25 ans.
« Bien que l’espèce soit toujours en danger critique d’extinction, ce résultat est encourageant car il montre qu’un grand nombre de défauts génétiques ont été perdus au fil du temps et qu’une forte consanguinité ne signifie pas nécessairement que l’espèce est vouée à l’extinction », explique Dussex. « Cela nous donne donc un certain espoir pour la survie à long terme du kākāpō ainsi que d’autres espèces ayant un historique de population similaire. »
L’étude est publiée dans la revue Génomique cellulaire.
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Par Alison Bosman, Espèces-menacées.fr Rédacteur
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