La variante Omicron s’est déjà propagée dans le monde entier, provoquant un nombre considérable d’infections dans de nombreux pays, y compris des records sans précédent aux États-Unis, au Royaume-Uni, en Australie et dans de nombreux endroits en Europe. Bien qu’il semble plus bénin que les variantes précédentes du coronavirus, sa transmissibilité élevée – ainsi que sa capacité à échapper en partie aux anticorps acquis après une infection ou une vaccination antérieure – pourrait encore entraîner des taux élevés d’hospitalisation et de décès.
L’un des aspects les plus déroutants de cette variante est le nombre élevé de mutations qu’elle a acquises par rapport aux souches précédentes, telles que le virus de type sauvage découvert pour la première fois à Wuhan en 2019. Étant donné qu’Omicron n’est clairement pas un descendant direct d’autres variantes préoccupantes telles que Qu’il s’agisse d’Alpha, de Beta ou de Delta, les scientifiques veulent savoir d’où est originaire cette variante et comment elle a réussi à acquérir une contagiosité aussi extraordinaire.
L’une des hypothèses concernant l’origine d’Omicron est qu’il a commencé à circuler au milieu de l’année 2020 dans un endroit sans grande capacité de surveillance ou de test génétique (peut-être un pays africain), et qu’un an et demi plus tard, il a réussi à détecter tellement de mutations que il a pratiquement « explosé sur la scène » en novembre, dans la province sud-africaine de Gauteng. Cependant, cette théorie est peu probable étant donné qu’une souche de coronavirus aussi contagieuse aurait probablement été détectée beaucoup plus tôt.
Une autre hypothèse est que l’une des variantes précédentes du SRAS-CoV-2 (ou peut-être même le type sauvage de Wuhan) aurait infecté une personne gravement immunodéprimée (peut-être un patient séropositif non traité). Le virus n’était pas mortel, mais restait dans le corps de l’individu suffisamment longtemps pour acquérir un grand nombre de mutations. La question la plus troublante de cette théorie est cependant de savoir comment le variant n’a pas été propagé par cette personne plus tôt.
Une nouvelle étude publiée dans le Journal de génétique et génomique propose une hypothèse alternative fascinante. Selon une équipe de recherche dirigée par l’Académie chinoise des sciences, l’accumulation rapide de mutations dans la variante Omicron qui a permis son épidémie mondiale fulminante suggère que son origine proximale pourrait être un animal plutôt qu’un hôte humain – très probablement des souris.
« Le spectre moléculaire des mutations acquises par l’ancêtre d’Omicron était significativement différent du spectre des virus ayant évolué chez des patients humains, mais ressemblait au spectre associé à l’évolution du virus dans un environnement cellulaire de souris », ont écrit les auteurs de l’étude.
« En outre, les mutations de la protéine de pointe Omicron se chevauchaient de manière significative avec les mutations du SRAS-CoV-2 connues pour favoriser l’adaptation aux hôtes souris, en particulier grâce à une affinité de liaison améliorée à la protéine de pointe pour le récepteur d’entrée dans les cellules de souris. »
Ainsi, il semble hautement possible qu’à un moment donné au cours de l’année 2020, le virus soit passé des humains aux souris, où il a rapidement accumulé ce nombre impressionnant de mutations, puis soit revenu chez les humains vers la fin de 2021, « indiquant une évolution inter-espèces ». trajectoire de l’épidémie d’Omicron.
Si cette hypothèse s’avère vraie, cela renforcerait la preuve que l’espoir d’une éradication définitive du SRAS-CoV-2 devient de moins en moins probable à mesure que nous en apprenons davantage sur ce virus. Bien que les populations animales restent sensibles à l’infection par le SRAS-CoV-2, il existe toujours la possibilité que le virus se propage à nouveau chez l’homme à un moment donné, probablement sous des formes hautement mutées. Et que ces nouvelles souches se révèlent plus ou moins pathogènes sera très probablement une question de pure chance (ou de malchance), un pari évolutif.
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Par Andreï Ionescu, Espèces-menacées.fr Rédacteur
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