Des experts de l’Université de Zurich ont décodé le génome de la tortue géante d’Aldabra. La recherche contribuera non seulement à assurer un avenir à ces tortues dans la nature, mais pourrait également contribuer à expliquer comment ces créatures remarquables peuvent vivre plus de 100 ans.
« La tortue géante d’Aldabra (Aldabrachelys gigantea) est l’une des deux seules espèces de tortues géantes qui subsistent dans le monde. L’espèce est endémique de l’atoll d’Aldabra aux Seychelles et est classée vulnérable sur la liste rouge de l’Union internationale pour la conservation de la nature en raison de sa répartition limitée et des menaces posées par le changement climatique », ont écrit les auteurs de l’étude.
« Les ressources génomiques d’A. gigantea font défaut, ce qui entrave les efforts de conservation des populations sauvages et ex situ. Un génome de haute qualité ouvrirait également la voie à l’étude des bases génétiques de la durée de vie exceptionnellement longue de l’espèce.»
Les tortues géantes d’Aldabra servent d’ingénieurs de l’écosystème et peuvent aider à restaurer les habitats insulaires dégradés. Elles ont été introduites dans plusieurs îles de l’océan Indien occidental dont les tortues géantes endémiques sont aujourd’hui éteintes. Des outils tels que l’information génétique peuvent contribuer à assurer le succès à long terme des populations de tortues d’Aldabra.
L’équipe zurichoise a désormais réussi à séquencer le génome d’une tortue géante d’Aldabra. Cela aidera à distinguer les différences génétiques entre les animaux individuels.
« Ces informations génomiques sont cruciales pour que les programmes de sélection dans les zoos représentent la diversité génétique trouvée dans la nature », a déclaré le premier auteur de l’étude, Gözde Çilingir, qui a noté que les données pourraient être utilisées pour des études sur d’autres espèces de tortues.
« Nous avons constaté que la majeure partie du génome est similaire à d’autres génomes connus de tortues. Cela signifie que nos données contribueront aux efforts de conservation d’autres espèces de tortues en Afrique de l’Est et à Madagascar.
«Nous avons assemblé le premier génome annoté de haute qualité au niveau des chromosomes pour la tortue géante d’Aldabra, ce qui a donné lieu à l’un des génomes chéloniens les mieux assemblés. Les analyses de colinéarité chromosomique ont révélé un degré élevé de conservation, même parmi les espèces de tortues éloignées. Nous avons montré que les ressources de haute qualité peuvent être combinées avec un reséquençage à faible couverture pour obtenir des informations cruciales sur la structure génétique d’Aldabra, ainsi que pour résoudre l’origine exacte des individus hébergés dans un zoo », ont écrit les auteurs de l’étude.
« Comprendre les niveaux de diversité génomique dans les populations indigènes et ex situ est crucial pour éclairer les efforts de réensauvagement et prioriser les efforts de conservation. »
« En outre, des analyses du polymorphisme à l’échelle du génome peuvent être utilisées pour évaluer la présence de mutations délétères mettant en danger la santé à long terme des populations et permettront des estimations de haute confiance de la consanguinité basées sur des séries d’homozygotie. Enfin, étant donné la durée de vie exceptionnellement longue et la grande taille d’A. gigantea, le génome de haute qualité éclairera les études de génomique comparative axées sur les fondements génétiques du vieillissement et du gigantisme.
L’étude est publiée dans la revue GigaScience.
Crédit image : Dennis Hansen, Université de Zurich
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Par Chrissy Sexton, Espèces-menacées.fr Rédacteur
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