Une technologie basée sur l’ADN pourrait sauver les requins indonésiens

Des millions d’organismes contribuent à la biodiversité marine mondiale et la plupart d’entre eux ont besoin de protection. Malheureusement, la planète a perdu environ 70 % de sa diversité animale au cours des cinq dernières décennies. L’Indonésie, connue pour sa riche diversité marine, est au cœur de ce défi. Des chercheurs ont découvert que les populations indonésiennes de requins et de raies manta disparaissent à un rythme alarmant.

Requins et raies indonésiennes

Les requins et les raies sont parmi les plus grandes victimes du déclin de la biodiversité marine. Autrefois considérés comme des prédateurs au sommet, ces élasmobranches sont devenus des habitants vulnérables des océans qui luttent pour leur survie. Les caractéristiques biologiques des requins et des raies les désavantagent également considérablement. Ils grandissent relativement lentement, mûrissent tardivement et se reproduisent à des taux très faibles.

Bien qu’il s’agisse d’une crise mondiale, l’Indonésie est plus durement touchée que la plupart des pays du monde. Le pays abrite plus de 220 espèces de requins et de raies, ce qui représente un cinquième de la population mondiale. Avoir une telle diversité de requins et de raies présente quelques avantages économiques. Par exemple, le tourisme des requins dans le pays rapporte au moins 22 millions de dollars par an aux caisses nationales.

Malgré leur valeur économique, seules six espèces sont protégées de toute forme de capture et de commerce en Indonésie. Il s’agit notamment des requins baleines (Rhincodon typus), des raies manta géantes (Mobula birostris), les raies manta des récifs (Mobula Alfredi), et trois espèces de poissons-scies.

Le pays n’autorise pas non plus l’exportation de quatre espèces menacées à l’échelle mondiale : trois espèces de requins-marteaux et les requins océaniques à pointe blanche (Carcharhinus longimanus).

Les pêcheries indonésiennes capturent 86% des requins

De 2007 à 2017, la pêcherie indonésienne des requins et des raies a enregistré une capture annuelle moyenne de 110 737 tonnes. C’est le plus grand au monde.

Il est intéressant de noter que la plus grande partie de ce poids provient de prises accessoires non intentionnelles plutôt que de pêche intentionnelle ou active. Cela concorde avec l’observation de la Wildlife Conservation Society de 2018 selon laquelle jusqu’à 86 % des pêcheries indonésiennes capturent accidentellement des requins et des raies.

Cette situation place l’Indonésie devant un choix crucial mais délicat à faire entre la conservation et les avantages socio-économiques de la pêche au requin.

Efforts de conservation des requins indonésiens

Les efforts récents des autorités indonésiennes indiquent que le pays est prêt à protéger ces espèces marines menacées de l’extinction.

Selon une étude récemment publiée, les récents progrès scientifiques et technologiques pourraient offrir une solution au pays. De nouveaux outils de diagnostic basés sur l’ADN, tels que la méthode FASTFISH-ID, ont fait progresser le processus d’identification de la faune.

FASTFISH-ID est très prometteur

FASTFISH-ID est une technique avancée de réaction en chaîne par polymérase (PCR) en temps réel qui permet une identification rapide et fiable des espèces. Il utilise des sondes fluorescentes pour créer des signatures génétiques uniques pour chaque espèce, offrant ainsi une identification précise.

Initialement conçu pour les poissons osseux, FASTFISH-ID s’est révélé prometteur pour les élasmobranches. Les chercheurs l’ont donc utilisé pour générer des signatures fluorescentes pour 28 espèces d’élasmobranches fréquemment commercialisées et trouvées sous la surface des eaux indonésiennes.

Ces signatures ont permis une identification précise des espèces, malgré quelques erreurs de classification. L’approche d’apprentissage automatique profond a atteint une précision impressionnante de 79,41 % dans l’identification des espèces.

Une technologie qui change la donne

Andhika P. Prasetyo, chercheuse à l’Université de Salford, a dirigé ce travail essentiel. Sur la base de leurs conclusions, les experts estiment que le FASTFISH-ID pourrait changer la donne en offrant vitesse, portabilité, universalité et résolution d’un seul nucléotide lors de l’identification des espèces d’élasmobranches.

Bien que des limitations telles que des erreurs d’affectation et des incohérences dans les hybridations aient été observées, les scientifiques espèrent que les améliorations en cours et l’expansion des bases de données amélioreront la technologie.

« En affinant davantage, cette méthode peut améliorer la surveillance du commerce des élasmobranches dans le monde entier, sans laboratoire ni analyses spécifiques à l’espèce », ont-ils noté.

Les résultats de cette étude ont été publiés pour la première fois dans la revue iScience.

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