Les scientifiques ont localisé la chauve-souris qui pourrait provoquer la prochaine épidémie : pour l'instant ils demandent la prudence

La recherche identifie quelques familles comme réservoirs d’agents pathogènes à potentiel épidémique et souligne que la menace dépend avant tout de la manière dont les humains transforment leur environnement.

Caroline A. Cummings dirige une équipe qui a mis un nom sur une vieille peur. Une étude internationale, publiée dans la revue scientifique Communications Biology, montre que seules quelques familles de chauves-souris concentrent la plupart des virus capables de provoquer de graves épidémies chez l'homme. Les auteurs analysent des centaines d'espèces et concluent que le risque n'est pas réparti également dans l'ensemble du groupe de chauves-souris, mais qu'il est concentré dans des branches évolutives spécifiques et dans des scénarios où la pression humaine sur les écosystèmes est plus intense.

La recherche s'appuie sur une base de données qui rassemble près de 900 espèces de mammifères et plus d'une centaine de virus connus. Avec ces informations, l’équipe calcule un indice de « potentiel épidémique viral » qui combine la gravité de la maladie, la facilité de transmission entre les personnes et la charge mondiale de décès associée à chaque agent pathogène. Ils placent ensuite ces données sur l’arbre évolutif des mammifères pour voir quels groupes concentrent le plus de risques.

Le résultat est que l’ordre des chauves-souris dans son ensemble ne semble pas particulièrement dangereux. Le signal se concentre sur des familles spécifiques, telles que les chauves-souris fer à cheval du groupe des Rhinolophidae et plusieurs clans de chauves-souris insectivores répandues (Vespertilionidae, Molossidae, Emballonuridae) qui utilisent fréquemment les bâtiments humains comme abri. L’étude s’inscrit dans le cadre d’autres recherches décrivant une tolérance élevée de ces animaux aux virus et une relation unique entre leur système immunitaire et les agents pathogènes qu’ils hébergent.

En lisant la carte globale dessinée par l'œuvre, apparaissent les endroits les plus à risque là où ces espèces coïncident avec des paysages fortement transformés par l'homme. Les régions d’Amérique centrale, la côte atlantique de l’Amérique du Sud, les zones d’Afrique équatoriale et d’Asie du Sud-Est partagent une combinaison d’une grande richesse en chauves-souris et d’une forte pression due à la déforestation, à l’agriculture intensive ou à l’expansion urbaine. C’est le type de scénario que d’autres études ont associé à un risque plus élevé de transfert d’agents pathogènes de la faune sauvage aux humains, en particulier en cas de changements soudains dans l’utilisation des terres et dans la disponibilité de nourriture pour les animaux.

La recherche s’inscrit dans le cadre de l’inquiétude croissante concernant les zoonoses, maladies qui passent des animaux aux humains, et renforce une idée que les organismes de santé répètent depuis la pandémie de covid. Le risque ne réside pas dans l’existence de virus dans la nature, mais dans la fréquence et la manière dont nous y sommes exposés, ce qui dépend de la manière dont nous produisons de la nourriture, occupons l’espace et gérons la faune.

Dans ce contexte, l’approche de santé publique intégrant les personnes, la faune et les écosystèmes prend du poids. C’est l’approche globale de santé entre les humains, les animaux et les écosystèmes qui décrit le concept One Health, promu par l’Organisation Mondiale de la Santé et d’autres agences internationales à travers leurs fiches sur cette stratégie. Les experts rappellent que la véritable barrière contre de futures épidémies est la prévention des zoonoses aux points de convergence du bétail, de la faune sauvage et des établissements humains, bien avant l'apparition de la première contagion.

L'étude de Cummings propose d'utiliser ces informations de manière très spécifique. Au lieu d’essayer d’échantillonner toutes les chauves-souris de la planète, ce qui est pratiquement impossible, il est proposé de concentrer les ressources sur les familles et les régions qui semblent avoir un fort potentiel épidémique. Il s’agit de renforcer la surveillance virale dans les colonies proches des fermes d’élevage ou des marchés, d’améliorer la biosécurité dans les exploitations agricoles et de sensibiliser les communautés rurales aux risques liés à la manipulation de la faune sauvage.

Les auteurs insistent en outre sur le fait que persécuter ou éliminer les colonies de chauves-souris est non seulement injustifié, mais qu’il peut également être contre-productif. La perturbation des abris stables génère du stress chez les animaux et peut favoriser la circulation de virus au sein de la colonie. Les expériences antérieures avec d'autres espèces montrent que les campagnes d'extermination peuvent disperser les individus sur de vastes zones et augmenter les possibilités de contact. Pour les experts en biodiversité, la réponse la plus efficace est de protéger les habitats, de réduire la pression sur les écosystèmes et de limiter les situations de contacts intenses entre l'homme et la faune.

Les signes avant-coureurs ne sont pas théoriques. Ces dernières années, des épidémies associées à des coronavirus détectés chez les chauves-souris ont été identifiées, comme le virus de type MERS décrit au Brésil, et les épisodes de réapparition de virus déjà connus dans de nouveaux contextes se sont multipliés, de la grippe aviaire chez l'homme aux cas de rage liée à la faune sauvage. Chacun de ces épisodes rappelle que la frontière entre un foyer isolé et le début d’une épidémie dépend de la surveillance, de la capacité de réponse et du degré de pression que nous exerçons sur les écosystèmes.

Les spécialistes affirment que la société doit apprendre à vivre avec cette réalité sans tomber dans l’alarmisme. En fait, récemment, des institutions scientifiques et des organisations de santé environnementale ont profité de la Journée mondiale des zoonoses 2025 pour insister sur la nécessité d'améliorer l'éducation sanitaire, de renforcer les systèmes de santé et de revoir les pratiques à risque, du commerce des espèces sauvages à certaines formes d'exploitation intensive. Le message sous-jacent est que les zoonoses peuvent être réduites si des mesures sont prises à temps pour s’attaquer à leurs causes profondes.

En ce sens, le travail de Cummings ne désigne pas un coupable spécifique, mais propose plutôt une feuille de route. Identifiez quels groupes de chauves-souris méritent une surveillance prioritaire, mettez en évidence quelles régions de la planète combinent plus de pression humaine et une plus grande diversité de réservoirs, et rappelez-vous que la meilleure défense contre la prochaine épidémie est de prendre soin des écosystèmes et de réduire les points de friction entre notre espèce et le reste de la faune.

L'étude sur le potentiel épidémique des chauves-souris a été publiée dans la revue Biologie des communications.

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