Qu’est-ce que « l’ADN environnemental » ? Cette technique innovante détecte la trace d'espèces « menacées » ou « envahissantes » dans le projet LIFE KANTAURIBAI

L’ADN environnemental ou eDNA est une approche d’échantillonnage efficace, non invasive et facile à standardiser, présentant un grand potentiel en tant qu’outil de surveillance environnementale.

Cette méthodologie permet de séquencer (déterminer l’ordre exact des bases dans une chaîne d’ADN) plusieurs organismes en même temps grâce à la technique du métabarcoding et constitue donc un outil très important pour déterminer la biodiversité et caractériser les écosystèmes, tant dans les milieux terrestres qu’aquatiques.

L'ADN environnemental permet également la détection précoce d'espèces envahissantes, ainsi que la détection d'espèces rares et/ou difficiles à détecter comme celles en danger d'extinction et l'étude du régime alimentaire d'une espèce. Ainsi, le potentiel de l’ADN environnemental dans la recherche biologique semble presque illimité.

L'ADN environnemental, une technique pour retrouver la trace des espèces menacées

L’une des principales difficultés rencontrées par les experts travaillant sur des projets de conservation d’espèces menacées est de retrouver leurs traces, de savoir où ils doivent agir, soit parce qu’elles sont insaisissables, soit parce qu’il reste si peu de spécimens qu’il est très difficile de les retrouver.

Pour surmonter ce défi, les techniciens du projet de restauration de la rivière Life Kantauribai ont décidé de s'appuyer sur une nouvelle technique appelée « ADN environnemental », qui leur permet de certifier si une espèce se trouve dans une certaine zone par la trace génétique qu'elle laisse dans l'eau.

Cofinancé par des fonds européens, Life Kantauribai cherche à connaître l'état des espèces qui habitent les rivières et risquent de disparaître, comme le desman ibérique, le vison d'Europe, la margaritifera margaritifera ou la burtaina.

La rivière qui abrite le desman ibérique, le vison d'Europe, la margaritifera margaritifera ou la burtaina

La technique repose sur le fait que des êtres vivants libèrent des cellules lors de fonctions vitales, telles que l'excrétion, la croissance ou la reproduction ; et que la rivière fonctionne comme un tapis roulant pour ces cellules, a expliqué le technicien Pello Isasi de la Direction Environnementale d'Orekan de Navarre.

« Ce que nous essayons de faire, c'est détecter l'ADN que la rivière transporte à partir de sections qui dépassent un certain point », a déclaré Isasi, qui a souligné que cela permettait d'évaluer des zones plus vastes et de réduire le nombre de personnes participant aux tâches d'échantillonnage.

De plus, ils évitent de perturber ces espèces ou leur environnement, ce qui est un avantage lorsqu'il s'agit de les conserver puisque, par exemple, des maladies pourraient leur être transmises lors des efforts de pistage.

Parmi les inconvénients, il y a, par exemple, le fait qu'ils ne connaissent pas la distance de détection, c'est-à-dire qu'on ne sait pas à quelle distance se trouve le producteur d'ADN du lieu où l'échantillon a été collecté.

Avec une PCR, ils détectent la présence de restes génétiques de l'une ou l'autre espèce animale

Ils récupèrent l'eau avec des bocaux qui, préalablement stérilisés et à l'aide d'une pompe péristaltique, la font passer à travers des filtres aux pores de la taille d'une cellule animale, qui y reste piégée.

Les filtres sont envoyés à un laboratoire de Valence où, grâce à une PCR, comme celles utilisées pour détecter la présence de virus comme le covid ou la grippe, ils peuvent vérifier la présence de restes génétiques de l'une ou l'autre espèce animale.

« Il s'agit d'une nouvelle technique qui a jusqu'à présent été validée en laboratoire mais avec peu d'application sur le terrain, mais elle est très prometteuse », a souligné Isasi.

Le « cas » de la Margaritifera Margaritifera

Grâce à cette technique, à Kantauribai, on a jusqu'à présent trouvé la trace d'espèces de mammifères rares ou insaisissables, comme le vison d'Europe et le desman ibérique, tous deux en danger critique d'extinction en Espagne, et de poissons, comme l'alose et la burtaina.

Ils l'utilisent également pour rechercher Margaritifera Margaritifera, une moule de rivière en voie de disparition dont on sait, grâce à des traces antérieures, qu'elle a habité la rivière Bidasoa et pour laquelle, cependant, aucun reste d'ADN n'a été trouvé jusqu'à présent.

Pour tenter de trouver ce bivalve rare, on utilisait jusqu'à présent la méthode traditionnelle : cinq personnes ou plus se déplaçaient en ligne le long de la rivière à la recherche de spécimens pendant des heures avec le seul soutien des mirafondos.

« Avec la technique de l'ADN environnemental, le processus est beaucoup plus court car il suffit de quelques personnes pour aller chercher l'eau de la rivière à différents endroits. » EFE / ECOticias.com