La plante qui défie la génétique : seuls 2 de ses 8 chromosomes sont clairement distingués et indiquent une origine en plusieurs étapes

Il Projet BioGénome Terrequi aspire à lire l'ADN de tous les eucaryotes de la planète, intègre comme référence une baie emblématique de Norvège, clé des desserts de Noël et de la culture populaire

Le chicouté (Rubus chamaemorus), une plante dioïque qui prospère dans les tourbières froides et dont la récolte est associée en Norvège à Noël, s'est avérée être bien plus qu'une simple baie de saison. Un travail de génomique au sein du Projet BioGénome Terre (EBP) a reconstruit son ADN avec un niveau de détail inhabituel pour une espèce « sauvage » et a confirmé que son histoire évolutive est le résultat de croisements et de duplications de matériel génétique qui se sont produits en plusieurs phases, et non d’un seul mélange linéaire.

La clé réside dans son architecture chromosomique. Contrairement aux humains diploïdes, la plante est octoploïde (huit ensembles de chromosomes). Ce trait est connu depuis des années en botanique, mais l’analyse complète du génome permet d’obtenir une interprétation plus fine de la façon dont ce puzzle s’est formé. Selon les chercheurs cités dans les informations générales, la contribution des espèces ancestrales n’est pas uniforme et deux de ces huit ensembles de chromosomes ressortent clairement, ce qui indique que l’hybridation et la polyploïdisation se sont enchaînées au fil du temps et non d’un seul « saut ».

Cette découverte s’inscrit dans la course internationale au séquençage de la biodiversité. L’EBP a été lancé en 2018 dans le but de séquencer et de cataloguer l’ADN de tous les eucaryotes connus (plantes, animaux, champignons et protistes), un défi décrit par ses promoteurs comme un « coup de lune » pour la biologie, une entreprise comparable en ambition au Projet Génome Humain. En Norvège, l'initiative nationale EBP-Nor, coordonnée depuis l'Université d'Oslo, promeut cette contribution locale et a travaillé à consolider les infrastructures et les pipelines d'analyse génomique.

Au-delà de l'intérêt scientifique, le génome de référence du chicouté ouvre deux débats pratiques. Le premier est écologique. Disposer de génomes de haute qualité permet de suivre avec précision la diversité génétique des populations et leur connectivité, informations cruciales pour les espèces et les écosystèmes soumis à la pression du changement climatique et de la transformation des habitats. La seconde est agronomique. L’espèce a historiquement résisté à une culture extensive et, comme le rappellent les chercheurs, la reproduction par graines retarde la fructification, ce qui limite la domestication. Dans ce contexte, comprendre sa base génétique (et son origine hybride) peut aider à expliquer pourquoi il est si difficile de « l’apprivoiser » et quels traits pourraient être sélectionnés sans appauvrir la variabilité.

Il reste cependant une frontière ouverte. Identifier avec précision quelles espèces spécifiques ont contribué à ces huit ensembles de chromosomes nécessite que les génomes des « candidats » possibles au sein du genre soient également séquencés. Rubus. L'EBP est né précisément pour que ce type de questions ne dépendent plus de pièces détachées et puissent être résolues avec un atlas génétique global.

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